Родился в 1926 г. в городе Ленинакане (ныне - Гюмри) в семье потомственных строителей.

В 1949 г. окончил Ереванский Политехнический институт им. К. Маркса и получил квалификацию инженера-строителя, и всю свою творческую жизнь посвятил развитию градостроительства и сейсмостойкого строительства.

Был директором НИИ Геофизики и инженерной сейсмологии НАН Армении, заведующим архитектурной мастерской, затем Заместителем директора по научной части, главным архитектором, а в 1980-1992 гг. руководил НИИ Строительства и Архитектуры РА. В эти годы полностью раскрылись его организаторские способности и глубокие профессиональные познания в области градостроительства и сейсмологии.

Опубликовал более 100 статей, монографий и учебников для ВУЗов, имеет ряд авторских свидетельств. Под его личным руководством была создана и впоследствии развилась единая сейсмическая сеть Армении.

По его проектам было построено множество гражданских, промышленных и жилых сооружений. В 2001 г. руководил работами по контролю качества восстановления гражданских объектов и таких памятников государственного значения, как Драматический театр имени Вардана Ачемяна, дом-музей Меркулова, комплексы Звартноц и Гарни, производимого в рамках программы фонда "Линси".

С. Г. Шагинян свою деятельность совмещал с преподавательской и общественной работой, является профессором Ереванской Инженерной Академии, а также является основоположником и Исполнительным директором общественной организации "Международный союз Ширак"

В настоящее время занимается техническим контролем качества проектных и строительных работ по созданию Мемориала, посвященного памяти жертв землетрясения 1988 г.